Cookbook_for_Med-students
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  1. 生信编程
  2. R

安装&导入R包

install&library_R-packages

什么是R包? R包是 R 函数、实例数据、预编译代码的集合,包括 R 程序,注释文档、实例、测试数据等。 R包有什么用? 举个不是很恰当的例子:我们实际使用R就如同我们使用自己的计算机一样,R包相当于是具有不同功能软件的软件包,让我们无需自己从头研究某项功能怎么实现,而是直接使用前人开发好的成品软件即可。 那么R包该怎么安装呐? 安装一个新的R包可以使用 install.packages() 函数: 注意使用的标点符号均为英文标点 从 CRAN 网站上获取包,以ggplot2这个包为例\

install.packages("ggplot2")

如果从外网获取包速度较慢的话,可以试试使用国内镜像,以使用清华源进行安装为例:

install.packages("ggplot2", repos = "https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")

有时候我们想要的包可能不在CRAN网站上,这时候可以试试Bioconductor或者Github上 使用Bioconductor 安装:

install.packages("BiocManager")
library("BiocManager")
BiocManager::install("R包名")
#使用GitHub安装:
install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("库名/R包名")

本地安装R包(可以解决网站上的R包被下架的情况) 在CRAN网站的存档里找到需要的R包并下载到本地,网址:https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/\

install.packages("下载路径/R包名", repos = NULL, type = "source")

或者你也可以这样\

package_url = "下载地址"
install.packages(package_url, repos = NULL, type = "source")

安装的包需要每次先载入 R 编译环境中才可以使用,格式如下:\

library("R包名")

一些提高效率的小技巧

#安装多个R包
packages = c("包名1","包名2","包名3"..."包名n")
install.packages(packages)
#载入多个R包
inst = lapply(packages,library,character.only = TRUE)

安装有外部依赖项的R包 一些R包有外部依赖(比如可能调用了R以外的库)。在类UNIX系统(比如最常见的Linux系统)中,最好的方案是在操作系统层面进行安装,不要使用install.packages。这样可以实现在保证了R包安装的同时,其必须依赖的包也得以安装和正确的设置。 以Ubuntu为例,我们可以在https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/fullREADME.html下看到详细的有关"Ubuntu Packages for R"的说明: Ubuntu 存储库中提供了许多名称以 r-cran- 开头的 R 包 这里举一个例子(以安装rgdal为例):

apt-cache search r-cran- #搜索cran Debian包
sudo apt-get install r-cran-rgdal
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